有性生殖中，精子和卵子也稱配子，相對于配子而言，受精卵就是合子。對二倍體動物斑馬魚而言，合子基因組的核遺傳物質(zhì)中一套染色體來自母親，另一套來自父親?？梢姡献拥娜旧w是由一套母本染色體與一套父本染色體組成。受精卵形成后，開始卵裂、囊胚、原腸、器官原基形成、和器官發(fā)生等早期胚胎發(fā)育過程。在胚胎早期發(fā)育中，合子的基因組是關(guān)閉的，即不發(fā)生轉(zhuǎn)錄。在斑馬魚，這一過程維持到至少512-細胞期（卵裂期）。這一階段內(nèi)，胚胎的發(fā)育（卵裂）完全依靠卵子發(fā)生過程中存儲在卵母細胞中的物質(zhì)（如mRNA和蛋白質(zhì)。典型的如卵黃蛋白在胚胎早期發(fā)育中一直作為營養(yǎng)物質(zhì)提供能量，而rRNA則被分配到不同的胚胎細胞中用于組裝核糖體）。卵子攜帶的這些物質(zhì)被稱為母源性物質(zhì)，其中的RNA被稱為母源性RNA，也稱母源性基因（注意與母源或母本基因相區(qū)別，母源或母本基因通常指的是母本染色體上的基因）。在斑馬魚胚胎中，胚胎本身基因組即合子基因組的轉(zhuǎn)錄要到胚胎發(fā)育至512-細胞時才能明顯觀測到，這些源自合子基因組上基因轉(zhuǎn)錄形成的基因表達產(chǎn)物被稱為合子性基因產(chǎn)物，相應的基因即稱為合子型基因。合子型基因開始轉(zhuǎn)錄的過程被稱母源合子轉(zhuǎn)變過程（MZT: maternal-zygotic transition)。